心血管病转化医学协同创新中心理事会是协同创新中心的决策机构，审议中心发展规划和年度计划以及决定有关重要事宜，中心科学咨询委员会的主要工作是指导中心研究领域和学术方向的制定，对研究工作做出评估并提出建议。中心实行理事会领导下的主任负责制，中心主任负责中心总体运行，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。